Le parcours politique d’Henri Emmanuelli commence en même temps que son adhésion au Parti socialiste, en 1971. Deux ans plus tard, alors qu’il n’a que 27 ans, François Mitterrand l’encourage pour se présenter dans la 2e circonscription de Lot-et-Garonne, lors des législatives. Il se porte effectivement candidat, mais n’y sera pas élu. Il se présente avec succès dans la 3e circonscription des Landes en 1978. Il siège à l’Assemblée nationale jusqu’en mai 1981. Henri Emmanuelli est promu à un poste gouvernemental en 1981 où il est désigné Secrétaire d’État chargé des DOM TOM. Toujours Secrétaire d’État, il est affecté au budget à partir de 1983 puis du budget et de la consommation. Il est ainsi resté au gouvernement sous Gaston Defferre, Pierre Mauroy et Laurent Fabius. Et parallèlement à ses fonctions au gouvernement, Henri Emmanuelli assure sa carrière politique au niveau régional. Il préside notamment le Conseil général des Landes à partir de 1982 pour une durée de six ans. Il est également réélu député des Landes en 1986 et devient Conseiller régional d’Aquitaine la même année.
Les missions d’Henri Emmanuelli au sein du PS ne sont pas non plus négligeables. Il devient Secrétaire national chargé de la trésorerie et de la coordination en 1988. À la suite du congrès de Rennes en 1990, il est chargé du budget, de l’administration et de la trésorerie. Il s’illustre également à l’Assemblée nationale où il préside la Commission des Finances de 1991 à 1992 (puis en 1997 et 1998 ainsi qu’en 2000 et 2002). Il préside même l’Assemblée nationale entre janvier 1992 et avril 1993. Il est également réélu député dans la 3e circonscription des Landes en avril 1993, mais démissionne de ce mandat en juillet de la même année. Il est toutefois réélu une autre fois aux législatives partielles de septembre 1993 et assume son mandat jusqu’en 1997. Le conseil national de la Villette du PS lui fait accéder au poste de Premier secrétaire du parti, mais cette élection était encore provisoire jusqu’au congrès de Liévin où il est confirmé avec 92,15% des votes des militants en sa faveur. Fort de ce succès, il se présente au primaire du PS en vue de l’élection présidentielle de 1995. Il n’est toutefois pas élu, au profit de Lionel Jospin qui réalise un score de 65,85%. Réélu dans la 3e circonscription des Landes en juin 1997, il est contraint de démissionner en décembre de la même année à la suite de l’affaire Urba pour laquelle il a été mis en examen en septembre 1992 pour trafic d’influence. Étant condamné à une peine de prison avec sursis et privé de tous ses droits de citoyens, il n’est pas en mesure de terminer son mandat. Il retrouve toutefois son siège en février 2000 à la suite d’une élection législative partielle. Il y sera réélu en 2007.
Au sein du PS, Henri Emmanuelli crée Nouveau Monde avec Jean-Luc Mélenchon en 2002. Trois ans plus tard, il fait campagne pour le NON sur le référendum sur le traité constitutionnel européen. Son courant Nouveau monde se dissout et il fonde Alternative socialiste et fait alliance avec Nouveau parti socialiste. Cette fusion est programmée pour déposer une motion commune lors du congrès du Mans, prévu du 18 au 20 novembre 2005. François Hollande reste à la tête du parti à la suite du dit congrès et Henri Emmanuelli est nommé chargé des États-Généraux du projet du parti lors de l’élection présidentielle de 2007.
